Transformer 4

logo transformer 4JableSoft desarrolla Transformer 4, un software multiplataforma de bioinformática realizado para el Jardín Botánico Viera y Clavijo.

T4 ha tenido una gran acogida entre los cientificos especializados.

Se trata de un proyecto Interreg PCT-MAC coordinado por el propio Jardín Botánico Viera y Clavijo y el Instituto Tecnológico de Canarias (ITC). Este proyecto nos ha brindado la oportunidad de trabajar en el apasionante campo de la bio-informática y ha sido un desarrollo con el que hemos disfrutado especialmente. Se trata de un software realizado con NetBeans Platform que puede ser ejecutado en cualquier sistema operativo. Permite el análisis rápido y versátil de matrices de datos de genotipos co-dominante (diploide) y dominante de cualquier tipo y tamaño, que también permite al usuario publicar dichos datos en el sistema de información web Demiurge. Todo ello mediante una interfaz gráfica sencilla e intuituva.

El software ha sido presentado en diversos congresos y jornadas nacionales e internacionales: Las Palmas de G.C., Barcelona, Menorca, León, Suiza, Londres y Marruecos entre otros. El siguiente video presenta Transformer 4 y el proyecto al que pertenece, Demiurge:

 

 

Antes de Transformer 4 (también referenciado como T4), no existían programas para calcular todos los parámetros posibles que se pueden derivar a partir de matrices de datos genéticos de poblaciones. Esto obliogaba a manejar una gran variedad de aplicaciones específicas cuyos formatos son complejos, heterogéneos, y en la mayoría de los casos, incompatibles entre ellos.

Especialmente para algunos marcadores moleculares, esta situación hace que el análisis de los datos sea propenso a generar errores. Transformer-4 es un programa informático de código abierto que elimina la mayoría de los problemas antes mencionados y permite un procesamiento y análisis rápido de los datos de población de genética molecular con la mayoría de los programas de genética de poblaciones disponibles hasta la fecha.

T4 permite trabajar con matrices de genotipos codominantes (isoenzimas y microsatélites nucleares) y dominante que pueden tener un número virtulamente ilimitado de alelos por locus, loci, individuos, poblaciones y taxa (individuos diploides, en el caso de datos codominantes ). Cualquier matriz de genotípos que cumpla con el formato de T4, puede ser transformada en alguno de los formatos de diversas herramientas software disponobles para el análisis genético de poblaciones.

Si el usuario lo desea, T4 se puede conectar a la página web de Demiurgo para iniciar el proceso de presentación de resumen. Dicho resumen contiene principalmente una matriz con información genética en formato .tfm4 que va acompañada de un conjunto de metadatos que la califican. Si dicho resumen es validado como correctos por un comite, pasará a formatar parte de la base de datos de Demiurge, enriqueciendo el conocimiento registrado de biodiversidad.

Creemos que el uso de T4 es bastante intuitivo y sencillo. Su versatilidad (que esperamos seguir mejorando aún más) hace ahorrar mucho tiempo de investigación, y evita la mayoría de los errores asociados con el análisis de genotipos y los datos de matrices de población genética molecular, lo que deja muchísimo mas tiempo al investigador para dedicarse a su misión principal : el análisis y discusión de los resultados.

Además, T4 proporciona un formato estándar en XML para representar la biodiversidad mediante el uso de ficheros .tfm4.

Para más información o descargar T4 puede acceder a la siguiente URL: web de Transformer 4

+34 928 249 822
Email : Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.
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